课 程 背 景
近来，Oxford Nanopore Technologies联合探基渠道为我们带来国内外研讨者们运用纳米孔测序进行RNA研讨的系列讲座。继“首期：技能专家带你入门 | 纳米孔转录组测序原理、产值、规划和剖析”和“新加坡基因组研讨所首席科学家 | 归纳评价不同纳米孔全长转录组的测序办法”之后，本次为我们带来的是美国马萨诸塞州归纳医院William Jeck博士主讲的第三期课程，内容包括运用纳米孔测序快速检测临床样本中的致癌基因交融。
第三期：分子病理学中的“杀手级运用”- 快速检测临床样本中的致癌基因交融
William Jeck
美国马萨诸塞州归纳医院
研讨布景
在美国麻省医院，一名急性髓细胞白血病(AML)患者首要需求骨髓穿刺涂片查看，耗时两天进行细胞遗传学剖析来确诊。另一名恶性肉瘤患者先经过成像与活体安排查看，加上后续排查及检测，耗时16天确诊为尤文氏肉瘤。这可能会引起患者现已接受了数天的过错医治。
交融基因是AML致病的直接原因之一，肉瘤患者软安排中也存在相关的基因交融事情。因而可以在分子水平上发现这些事情并快速拿到成果，有助于将来更快速在癌症中进行确诊，避免过错医治浪费时间。
3月5日，第三期纳米孔转录组研讨课程已在探基渠道上线。课程中，William Jeck博士介绍了其研讨团队运用纳米孔测序，成功判定出红细胞白血病细胞系中的BCR-ABL1交融的研讨成果。
William Jeck
办法与成果
William Jeck博士开宣布一种锚定PCR（AMP）建库的办法，并运用掌上测序仪MinION进行纳米孔测序：将生成的纳米孔读长数据经过BWA-MEM与从现有转录本注释构建的组成转录物参阅文库进行比对，成功的判定出红细胞白血病细胞系中的BCR-ABL1交融：
· 对临床样品进行概念验证后，分别在白血病患者和FFPE脂肪母细胞瘤患者样品中判定PML-RARA和HAS2-PLAG1交融体。
· 在11个新鲜血液学标本和5个FFPE肉瘤样本中判定出12个真阳性和3个真阴性。其间检测到4个假阴性是因为所运用的qPCR验证样本肿瘤DNA份额过低。
· 经过对开端确诊的临床剖析物进行额定验证，终究灵敏度在低至5％肿瘤DNA样品中可以判定出交融基因。
研讨成果宣布在The Journal of Molecular Diagnostics，doi:10.1016/j.jmoldx.2018.08.003。
本期亮点：
·在测序开端的几秒钟内发生交融读长 ，10-15分钟内就累计超越100条BCR-ABL序列，因而在测序十几分钟的时分就中止运转以清洗测序芯片重复运用。
· 在更小型的测序设备Flongle上，12小时内获得了约10万条测序序列。
