隐球菌肺炎一旦感染，必须积极治疗，配合医嘱，方能治愈。
1、对于单纯有呼吸道隐球菌寄生的慢阻肺病人，当没有肺部受侵犯的证据时应定期随访；
2、对胸片有肺实质受侵犯，呼吸道分泌物培养中分离出新型隐球菌的病人，应给予积极的治疗，防止发生血源性播散；
3、对于免疫功能低下的病人因病变极易由肺播散到中枢神经系统，所以即使其脑脊液检查还是阴性结果，亦应及早开始系统治疗；
4、出现毒副反应的病人应被减少药物剂量；
5、多数病例不可能完全切除肺部隐球菌结节或团块以控制感染。个别病人因胸膜渗出需作引流。其余绝大多数病人药物治疗就可以达到治疗目的。
